北京交通大学马克思主义理论学科具有悠久的历史传统。1949年2月北平解放后，学校决定开设马克思主义政治理论课，最早开设的政治理论课程有《马克思列宁主义基本理论》《辩证唯物论和历史唯物论》《社会发展史》《新民主主义政治》《政治经济学》等；1949年11月学校正式成立政治课教学委员会。1952年学校成立马列主义教研室，分设新民主主义论、政治经济学两个教研组。1964年，马列主义教研室同学校其他七个系并列直属学校领导。

　　改革开放以来，北京交通大学马克思主义理论学科得到更快发展。1979年1月，学校决定北方交通大学政治理论课教研室（马列主义教研室）直属学校党委领导。1984年，马列主义教研室同其他十二个系所一样成为学校直属管理机构。1985年7月学校成立人文社会科学部，部内分设政治理论课教研室、德育教研室、基础部汉语教研室等三个教研室。1986年9月，人文社科部开始举办学制三年的马克思主义理论专业在职研究生班。1987年8月，人文社会科学部正式改名为人文社会科学系，并设立马克思主义原理、中国革命史、中国社会主义建设、自然辩证法、人文学科等五个教研室。1987年开始连续招收三届政教专业师资班。1996年7月，学校成立文理学院，并在院内单设社会科学部和思想教育研究室。1997年6月，人文社会科学系改为社会科学部，主要承担全校的马克思主义理论教学任务。1998年学校成立人文社会科学学院，在学院内单设马克思主义理论教研部。2009年，语言与传播学科从人文社会科学学院分出，单独成立语言与传播学院。2011年4月，学校正式成立马克思主义学院，并明确马克思主义学院为学校直属领导的思想政治理论课教学科研二级机构，是学校马克思主义理论学科点的依托单位。